影響農村污水處理設備運行和管理水平的因素很多，其中包括產權責任，業務管理模式以及國家和地區政策體系等體制因素。還存在諸如護理人員的運營資金，管理和技術技能等因素。當前，在農村生活污水處理設施的運行管理中，亟待解決的幾個問題。

不科學的規劃設計
許多農村地區的污染防治工作已經非常迅速地開始。在不考慮當地實際情況的情況下，簡單地進行一些規劃設計就已經形成了很大的規劃設計能力。例如，蘇北某鄉鎮污水處理廠總投資178萬元，設計污水處理規模為500t / d。由于配套管網建設的滯后，實際收集的生活污水無法達到滿負荷運行，設施無法連續運行24小時，設備長時間閑置，效率降低。
缺乏專業的運營管理人員
大中型城市污水處理廠的管理人員應具有相應的專業技能，其人數應能滿足污水處理廠的需求。但是，農村生活污水處理設施的運營和管理涉及許多主題，包括鄉鎮政府，鄉鎮或供水站以及村委會。權力和責任的不平等很容易導致推脫，管理失誤等。農村污水處理設施的管理人員主要是當地村民。他們缺乏環保知識以及設備操作和管理技能。他們只能負責日常設備維護。他們沒有資格進行專業的系統維護。等波動。
不能保證維修費用
資金短缺一直是限制農村污水處理的問題。中國大約有60萬個村莊，其中許多村莊缺少必要的環境保護設施，迫切需要財政支持。由于缺乏科學的籌資機制和渠道，私人資金難以投資。僅靠財政預算就難以解決地方財政困難，特別是對于欠發達的西部地區而言。
污水處理設施建成后，為了保證設備的長期穩定運行，必不可少的維修資金是必不可少的，許多鄉鎮地區也缺乏相應的環保資金保障體系。除了少數幾個在預算中包括運營管理和安全資金的地區外，大多數地區只有少量補貼，無法滿足設施正常運行的需求，而且設備“日曬”現象減少了設施效率水平。
管理系統不健全
它的突出表現在兩個方面：一是不同地區管理水平的差異，二是缺乏統一的標準體系。一些鄉鎮對設施的運行進行了嚴格的監督，運行和管理水平較高，但在一些相對落后的地區，由于缺乏關注和技術水平，設施的運行效果并不理想。在某些地區，沒有明確的管理目標，評估方法不科學，量化不佳，評估指標通常單一，區域管理要求不同以及許多地區的水質較差；行政法規不完善，沒有解決設計問題的依據。建設運營管理，管理是專斷的。